1944, à Rome. Le père Pietro Antonelli (Marcello Mastroianni) tente de sauver les trésors de la Renaissance présents à Rome de la convoitise des occupants allemands. Le lieutenant-colonel Kappler (Richard Burton) dirige quant à lui la sécurité de la ville de Rome, représentant la SS. Antonelli est contraint de livrer un Masaccio à Kapler. Or les armées alliées, qui ont débarqué à Anzio mais restent bloquées devant le mont Cassin, ne sont désormais plus très éloignées de la capitale italienne, ce qui stimule la résistance à Rome. Les résistants exécutent un attentat qui coûte la vie à 33 soldats allemands. Deux des auteurs de l'attentat sont des étudiants du père Antonelli et se réfugient chez lui. En représailles, Kappler est chargé de mettre à mort 10 Italiens pour 1 Allemand tué, soit 330 personnes. Il commence à dresser les listes pour les exécutions...
Représailles s'inspire largement d'un livre de Robert Katz, Death in Rome, paru en 1973. L'épisode qui fournit la trame du roman et du film est bien sûr le massacre des fosses Ardéatines, commis par les Allemands le 24 mars 1944 après une attaque de partisans, la veille, en plein coeur de Rome, Via Rasella, contre le régiment SS de police Bozen. A ce moment-là, les Allemands occupent Rome depuis septembre 1943 et la chute de Mussolini. Ils ont organisé la déportation des Juifs italiens en octobre et ont réquisitionné de nombreux civils pour des travaux forcés. En décembre, les partisans italiens conduisent les premières attaques contre l'occupant à Rome. La 11ème compagnie, 3ème bataillon du régiment SS de police Bozen, visée par l'attentat du 23 mars, est alors composée d'Autrichiens du Sud-Tyrol, région rattachée à l'Italie après la Première Guerre mondiale. L'attaque est orchestrée par 16 partisans d'un groupe communiste, qui parviennent tous à s'enfuir après avoir déposé une charge explosive dans le chariot d'un balayeur de rues.
Kappler (qui est en réalité beaucoup moins désabusé que dans le film, et qui n'a à l'époque que 37 ans alors que Burton en a 48...) mène l'enquête. C'est en accord avec le commandant de la place de Rome, le général de la Luftwaffe Mälzer, qu'il choisit le nombre de 10 Italiens à exécuter pour chaque policier SS tué. Mälzer voulait en plus brûler une partie de la ville. L'exécution doit avoir lieu dans les 24 heures ; Kesselring, le commandant de théâtre, a interprété l'ordre confirmé par le Führer comme concernant les personnes déjà condamnées à mort. Mais Kappler n'a pas assez de condamnés à mort et doit faire feu de tout bois, raflant aussi les Juifs emprisonnés et d'autres catégories de détenus. Les exécutions ont lieu dans des carrières abandonnées près de la Via Ardeatina : elles sont réalisées essentiellement par des officiers SS n'ayant jamais abattu quiconque. Kappler a choisi comme mode d'exécution des tirs de pistolet à bout portant dans la nuque, par groupe de 5 prisonniers. Il a prévu du cognac pour les officiers SS devant accomplir le massacre. Les corps sont empilés et les caves des carrières scellées à l'explosif. Ils ne seront découverts qu'après la libération de Rome. Le massacre des Fosses Ardéatines, de par son ampleur et le contexte dans lequel il intervient, est devenu emblématique des atrocités allemandes commises en Italie pendant l'occupation allemande. Un débat fait toujours rage à propos de la réaction ambigüe de la Papauté, qui n'a pas condamné le massacre allemand mais à en revanche déploré l'attentat des partisans italiens. Le film Représailles, suivant le livre de Katz, montre que la Papauté était au courant des représailles allemandes mais n'a rien fait, même symboliquement, pour s'y opposer.
Cosmatos, le réalisateur, avait proposé au producteur Carlo Ponti d'adapter le livre de R. Katz à l'écran. C'est davantage un spécialiste du film d'action : il signera ensuite Bons baisers d'Athènes, Rambo 2 (sic) ou Cobra. L'image est donc plus parlante en générale que le scénario, cependant Cosmatos est parfois arrivé à marier les deux efficacement, comme c'est le cas ici. Servi par deux acteurs qui dominent largement l'ensemble (Burton et Mastroianni), le propos montre la barbarie dans son caractère le plus froid et inhumain : la bureaucratie SS. C'est ainsi que la mort de 330 personnes se décide sur des coups de téléphone, dans une comptabilité sordide pour le spectateur, mais pas pour les acteurs du crime, qui ne voient qu'une tâche bureaucratique. Le lien improbable entre le père Antonelli et Kappler naît d'ailleurs uniquement de leur passion commune pour l'art. La force du film de Cosmatos est également de montrer le massacre des Fosses Ardéatines de manière quasi documentaire. : les SS emmènent les condamnés dans les grottes et les exécutent à coups de pistolets dans la nuque, par groupes de 5. La dernière scène est particulièrement bouleversante, avec Kappler, dans le rôle du bourreau, qui se retrouve à devoir exécuter Antonelli, qui s'est volontairement approché des carrières pour se faire prendre. De la même façon, la scène d'attentat est particulièrement bien reconstituée. Pour une fois, Cosmatos n'avait pas sacrifié le fond à la forme, comme il le fera souvent par la suite.