1864. Le sous-marin mis au point par les Confédérés pour briser le blocus naval de l'Union autour de Charleston a coulé avec son inventeur, Hunley, qui donne désormais son nom au bâtiment. Le général Beauregard (Donald Sutherland), qui cherche toujours à briser l'étau nordiste autour du port, confie le commandement du bateau renfloué à l'adjoint de Hunley, George E. Dixon (Armand Assante). Celui-ci reste hanté par la mort de sa femme, tué lors de l'explosion d'une mine contre le bateau à vapeur qui la transportait...
Téléfilm sorti en 1999, The Hunley raconte la mission ultime du bâtiment du même nom : un précurseur des sous-marins pas complètement submergé, lancé à Mobile en juillet 1863 et qui tua 3 de ses équipages dont le dernier lors de sa seule attaque réussie qui constitue l'objet du film.
Long de 12 m, le Hunley est convoyé par rail à Charleston, où il coule une première fois lors d'essais en août 1863, tuant ses 5 hommes d'équipage. Renfloué, il coule à nouveau en octobre, entraînant dans la mort 8 hommes dont son inventeur. Renfloué de nouveau, il peut mener son ultime attaque le 17 février 1864 où il coule le sloop USS Housatonic qui faisait partie du blocus, mais sa destruction entraîne la perte du sous-marin qui coule définitivement avec son équipage. L'épave a été retrouvée en 1995. L'analyse de l'épave, transférée dans un musée, a depuis montré que l'engin s'était probablement retrouvé trop près de sa cible (la charge explosive était placée sur une perche fixée à l'avant du sous-marin, placée en éperonnant le bateau ; en reculant, une corde tirée par le sous-marin faisait exploser la torpille), ce qui l'a endommagé pendant l'explosion ; en outre un homme du sloop a réussi à tirer un coup de fusil à travers l'un des postes d'observation vitrés du Hunley.
Dixon, le commandant du sous-marin pendant sa dernière sortie, joué par Armand Assante, est le seul membre de l'équipage dont le parcours est un peu connu. Comme cela est montré dans le film, il a combattu à Shiloh où il a été blessé à la jambe gauche, ce qui le laisse boîteux ; par chance, une pièce en or a dévié la balle qui lui aurait été sinon fatale. Une légende s'est bâtie sur cet épisode, invérifiable, selon laquelle la pièce lui aurait été donnée par son amante, ce dont se sert le téléfilm.
Le scénario lui-même vaut surtout pour le jeu d'acteurs de Armand Assante et de Donald Sutherland, comment souvent excellent, et pour l'aspect documentaire.