1942. L'île de Malte, tenue par les Britanniques, est constamment pilonnée par l'aviation allemande et italienne, et sous la menace d'une invasion. Les Anglais ne disposent que de quelques chasseurs pour contrer les vagues de bombardiers ennemis. Le Flight Lieutenant Ross (Alec Guiness), archéologue dans le civil, en route vers l'Egypte, se pose à Malte à bord d'un Hudson. Mais l'avion est détruit au sol par les raids aériens de l'Axe. Ross est embauché comme pilote de reconnaissance photographique. Il rencontre Maria (Muriel Pavlow), une Maltaise qui travaille au centre des opérations britanniques. Une idylle se noue entre les deux personnages, au milieu des ruines néolithiques de Malte. Mais la situation de l'île est de plus en plus terrible : aux raids aériens qui ne laissent qu'un champ de ruines s'ajoute la faim, les convois maritimes n'arrivant plus à atteindre Malte...
Malta Storyévoque la résistance courageuse de la petite île de Malte, en Méditerranée, qui joue un rôle capital pour menacer le ravitaillement des troupes italo-allemandes engagées en Afrique. En conséquence, elle est copieusement bombardée par l'Axe. Le siège dure de 1940 à 1942. 3 000 raids aériens sont menés en deux ans, mais l'opération Herkules, l'invasion de Malte, ne sera jamais déclenchée. Les convois arrivent à passer et la défense aérienne est toujours active. Les bombardements s'affaiblissent avec la victoire à El-Alamein et surtout le débarquement en Afrique du Nord du 8 novembre 1942. Les forces basées à Malte passent alors à l'offensive jusqu'à la capitulation des troupes italo-allemandes en Tunisie, en mai 1943.
Dans le film, le personnage de Ross serait inspiré de celui, tout à fait réel, d'Adrian Warburton, un pilote de la RAF qui s'est illustré durant la défense de Malte. Malta Story fait abondamment usage de documents d'archives montrant les événements décrits. On peut distinguer des bombardiers-torpilleurs italiens SM79, des Bf 109F, des Ju 88, sans compter les appareils britanniques. Des scènes ont été tournées à Malte, à une époque où des Spitfires étaient encore opérationnels : on voit ainsi 5 Mk XVI, version tardive du chasseur. Alec Guiness, qui tient le rôle principal, a servi en tant que réserviste de la Royal Navy sur le théâtre méditerranéen, ce qui renforce encore la crédibilité du propos. On peut voir également le croiseur mouilleur de mines HMS Maxman converti en croiseur de classe Dido, au moment où le vice-amiral Payne relève son homologue, Banks. Les documents d'archives du film montrent également les porte-avions britanniques HMS Indomitable et Eagle. Le film retrace les grands moments du siège en 1942, en particulier l'opération Pedestalet l'arrivée du pétrolier américain Ohio, touché par les avions de l'Axe, mais qui est maintenu à flot jusqu'à Malte. Réalisé moins de dix ans après la fin de la guerre, à l'image de la Mer Cruelle pour la bataille de l'Atlantique, Malta Story a un ton réaliste, mais ne décolle pas vraiment en dépit d'un casting impressionnant. La faute à un scénario qui se perd peut-être un peu trop dans les histoires sentimentales et déboires familiaux qui paraissent bien accessoires face à l'enjeu du siège.
