1943. Le lieutenant John F. Kennedy (Cliff Robertson) joue de l'influence familiale pour se faire affecter à une unité combattante dans le Pacifique. Membre de l'US Navy, Kennedy est affecté à une unité de vedettes lance-torpilles stationnée à Tulagi, dans les îles Salomons. Il fait connaissance avec un des officiers de l'unité en débarquant, le Commander Ritchie (James Gregory), un vieil officier de carrière qui a servi sur un destroyer pendant la Grande Guerre mais sans connaître le feu. Pour mettre Kennedy à l'épreuve, Gregory lui donne une vedette, le PT 109, laissée à l'abandon car en trop mauvais état. Kennedy relève le défi et parvient à remettre à flot le bateau, obtenant bientôt le droit de participer à des missions de combat...
Patrouilleur 109, sorti en juin 1963, cinq mois avant l'assassinat du président Kennedy à Dallas, est le premier film à aborder la vie d'un président américain en exercice. John F. Kennedy a en effet servi pendant la guerre du Pacifique sur la vedette lance-torpilles PT 109.
C'est le père de Kennedy, producteur et directeur de la RKO, qui a négocié l'adaptation de la biographie de son fils à l'écran. Kennedy a personnellement choisi l'acteur qui l'incarne à l'écran, Cliff Robertson, et a souhaité que les bénéfices aillent aux survivants du PT 109 et à leurs familles. Le réalisateur, Martinson, a dû remplacer au pied levé Lewis Milestone, habitué des films de guerre, qui a été remercié en plein tournage. Le tournage en Floride, avec le recours à de nombreux bâtiments de guerre et autres matériels, a donné naissance à des rumeurs de préparatifs américains d'une invasion de Cuba (!). Il a fallu créer de toute pièce ou reconvertir des patrouilleurs d'autres types car plus aucun modèle ayant servi dans le Pacifique durant la Seconde Guerre mondiale n'était disponible. Des AT-6 incarnent, comme souvent, les Zéros japonais. On note la présence d'un LST, d'un destroyer américain, le USS Saufley, et d'une myriade de navires plus petits.
Le PT-109 fait partie de la classe PT-103 construite par Elco pendant la guerre et le navire entre au service actif le 10 juillet 1942. Ce sont les plus grandes vedettes lance-torpilles de l'US Navymises en oeuvre pendant la guerre, avec 24 m de long et 40 tonnes de déplacement. L'équipage se compose en théorie de 3 officiers et 14 matelots. Les vedettes lance-torpilles doivent profiter de leur vitesse pour mener leurs attaques, mais comme le conflit impose des réductions de maintenance sur la coque, elles sont parfois plus lentes que les destroyers ou croiseurs japonais qu'elles doivent attaquer. En outre, les torpilles ne sont pas efficaces contre les barges japonaises fréquemment visées.Enfin, le carburant d'aviation utilisé pour les moteurs rend toute explosion très dangereuse. Les PT comptent donc sur l'obscurité, la manoeuvre et la vitesse pour mener leurs assauts brusqués. Elles embarquent un canon de 20 mm et des mitrailleuses de 12,7 mm. La PT 109 improvise aussi un montage spécial avec un canon antichar de 37 mm récupéré sur l'US Army.
Kennedy, en dépit de problèmes de dos, parvient, en jouant de ses relations familiales, à suivre la formation d'officier et à se faire affecter dans le Pacifique. En avril 1943, il arrive à Tulagi au MTB Squadron 2 et prend bientôt le commandement du PT 109. Le 30 mai, les unités font mouvement vers les îles Russell en prévision de l'attaque sur la Nouvelle-Géorgie. Le 16, elles sont basées à Rendova pour mener des attaques nocturnes contre les barges japonaises apportant des renforts et pour signaler les incursions du Tokyo Express. Le 1er août, après l'attaque de la base par 18 appareils japonais, les PT sortent attaquer à la torpille un convoi de destroyers, sans succès. Patrouillant dans le secteur pour détecter des navires japonais, la PT 109 est coupée en deux, à 2h00 du matin, le 2 août, par le destroyer japonais Amagiri qui fonce sur elle à pleine vitesse, entre Kolombongara et Arundel. 2 hommes sont tués dans le choc, et les autres parviennent, sous les ordres de Kennedy, à gagner une île à l'abri des Japonais qui occupent le secteur. Le naufrage a été repéré par un Australien chargé de la surveillance côtière, Evans. Les survivants restent six jours à attendre puis se présentent des indigènes qu'Evans a envoyés à leur rencontre. Après avoir réussi à s'identifier, les Américains écrivent un message de détresse sur une noix de coco. Finalement, les hommes du PT 109 sont récupérés, après que Rendova ait été informé, par le PT 157.
L'incident fait de Kennedy un véritable héros de guerre, ce qui servira à l'occasion sa carrière politique. L'épave du PT 109 a été localisée en 2002. Kennedy conservera la noix de coco et la fait mettre sous glace sur son bureau à la Maison Blanche, pendant son mandat.